- １９９８年から、ジョンゴリの第１２政治犯収容所（教化所）の多数の収容者が秘密処刑された。被害者のほとんどは「成分」が良くないか、あるいは政治関連犯罪による収容者である。収容所の環境に不平を言い、あるいは命令不服従により処刑された者もいる。証人によれば、被害者は夜に房から一人ずつ別の部屋に連れ出された。そこには収容所職員と平壌からきた人民保安省担当官がおり、虚偽の罪が宣告された。その直後に看守が被害者を選び出し、金属ワイヤーで殺害した。収容者の中の作業班長が遺体を片付けるよう命じられ、刑務所の主棟から数キロ離れた焼却炉に運んだ。このような殺害は定期的に実施されており、毎回、数人が殺害された。
１９９７年には、政治的犯罪者を対象とした秘密処刑が、同年末に閉鎖された平安南道大興の通常刑務所で実施されていた模様である。毎週、３人から５人の犠牲者が夜間または早朝に刑務所主棟から１.５キロ先の場所で射殺された。
どじらの秘密処刑も、１９９７年の金正日の指令に関連すると考えられ、この指令では、「精神を病んでいる」すべての者を除去するという安全措置が指示されていた。
- １９９３年から１９９８年の間に、ソ連のフルンゼ陸軍学校で学んだ約２５０人の陸軍士官が処刑されたと報告されている。その一部がクーデターを計画したとされた。この粛清は朝鮮人民軍保安司令部が主導したものである。被害者たちは保安当局者が有罪と決定した後、裁判なしで処刑された。一部の被害者にじてはその家族も政治犯収容所に送られた。他の家族は集団処罰を免れた模様である。北朝鮮で有力な一家だったからである。